生殖腺：河豚鱼卵巢含剧毒，为河鲀含毒量最大的强毒部分之一，精巢是微毒或无毒。卵巢与精巢为长圆形，位于腹腔后部，肛门附近。二者在生殖时期，易于辨别，睾丸为乳白色，卵巢为浅黄色，横断切面，精巢呈白乳糜状，而卵巢则呈颗粒状，但秋后因生殖期已过，卵巢与精巢皆呈萎缩，二者间较难辨别。
肝脏：河豚鱼肝脏为一较大纵长的器官，位于腹腔的右侧，上接膨大的胃部，下部尖端达肛门附近，呈灰褐色，内侧具有一绿色的胆囊。肝脏为河鲀剧毒部分，食河鲀时宜特别注意在食前务必剖除干净，人工养殖的可以通过油煎后食用。
皮肤：河豚鱼皮肤含毒量因河鲀种类而异，河鲀皮肤含毒量甚微或无毒。
血液：河豚鱼血液特别是两块所谓脊血块即脾脏含有剧毒。
肠胃：河豚鱼胃部甚大，能吸入水或空气，使其膨大，胃之下为肠，肠在腹腔内作二回折即达肛门，胃和肠也有毒，但毒性比卵巢及肝脏小得多。
肌肉：肌肉可视为无毒，所以只要挖去河鲀的内脏，再剥去皮，洗得干净，是不会有毒的。但河鲀死后较久，内脏的毒素溶在体液中，时间一久，可以渗入肌肉，不可不防。特别是制作鱼片，用2～5%碱液浸洗，更加安全。