牙齿过长：长期食用柔软的食物，牙齿无法正常啮磨而过长生长。生长过度的牙齿会伤害口腔内部，影响食物的摄取。此外还会并发牙龈腐败、鼻炎等症状。这将造成牙齿逐渐松动而掉落。一边牙齿掉落后，另一边的牙齿因缺乏正常的啮磨，需进行定期的切断手术。早期诊断，可望早期治疗。
打架造成的伤害：松鼠有攻击团体中弱者的习性。外观状似健康，但已罹患重病的松鼠，将会遭到健康松鼠的攻击。如果解剖这些被攻击而死的松鼠，将会发现早已患有重病。此外，体弱的松鼠，也很容易遭到攻击。 发现松鼠打架，应将每只松鼠用笼子隔开。受伤的部位，应用抗生素治疗，以免伤口化脓;较大的伤口，应进行手术缝合。由于有自相残杀的可能，体弱的松鼠应尽早进行隔离。
肺炎：压力过大、过度潮湿、空气流通不畅时，松鼠很容易罹患肺炎。 出现咳嗽、食欲不振、无精打采等症状，而后死亡。人类的感冒，也可能传染给松鼠，应特别注意。 可服用抗生素进行治疗。
低钙血症：产前、产后的雌松鼠会罹患此病。 由于血液中的钙浓度降低，而出现痉挛、麻痹、运动失调等症状。这时若不及早注射钙剂，将有死亡之虑。可在怀孕以及产后哺乳的雌松鼠的饮食中添加钙剂，作为预防方法。 此外，日光浴也很重要。
佝偻病：松鼠如同人类一般，也会罹患佝偻病。 除必须经常补充钙及活性维生素D外，日光浴也是不可欠缺的。使用人造太阳灯的效果不错，但紫外线的波长不当会造成严重的灼伤，因此使用前，最好详细询问医院。
尿道炎:尿道受到细菌感染会形成尿道炎。 雄性松鼠由于阴茎肿大，也会发生排尿困难。由于排尿时产生的疼痛，会发出痛苦的叫声。若发现这些症状，应立刻验尿，使用适当的抗生素治疗。
骨折：当松鼠在屋内游玩时，可能因不当的跳跃而发生骨折。单纯的骨折，只要遵照医院的指示，不需手术就能痊愈。松鼠不耐麻醉，最好避免进行手术。但若伤及脊椎骨，预后情况可能不佳。
