球虫病的潜伏期为2～3天或更长。肝球虫病症状为精神委顿、食欲减退，发育停滞、贫血、消瘦，肝区有压痛，可视粘膜苍白，部分出现黄疸。肠球虫病大多呈急性经过，幼兔常突然歪倒，四肢痉挛划动，头向后仰，发出惨叫，迅速死亡，或可暂时恢复，间隔一段时间，重复以上症状，最终死亡，部分兔死后口中仍有草或饲料。
慢性肠球虫病表现为体质下降，食欲不振，腹胀，下痢，排尿异常，尾根部附近被毛潮湿、发黄。肝球虫病死兔剖检可见肝脏明显肿大，上有黄白色小结节，内有大量卵囊；胆囊胀大，胆汁浓稠，在胆管、胆囊粘膜上取样涂片，能检出卵囊。
肠球虫病主要在肠道，肠壁血管充血，肠腔臌气，肠粘膜充血或出血，十二指肠扩张、肥厚，粘膜有充血或出血性炎症，小肠内充满气体和大量粘液。急性病例有时肉眼不能发现病变。慢性时，肠壁呈淡灰色，有许多针帽大的黄白色结节和小的化脓性、坏死性病灶，结节内含大量球虫卵囊。