科目分类不同。甲鱼：是鳖的俗称，也叫团鱼、水鱼。属龟鳖目、水鳖科、鳖属、龟种。乌龟：别称金龟、草龟、泥龟和山龟等。属龟鳖目、水鳖科、乌龟属、乌龟种。
形态特征不同。甲鱼：其头像龟，但背甲没有乌龟般的条纹，边缘有软状裙边，壳要比乌龟的软。颜色墨绿。外形呈椭圆形，比龟更扁平，它的背腹甲上着生柔软的外膜，周围是细腻的裙边，头颈和四肢可以伸缩，肢各生五爪，爬行敏捷，从外形颜色观察，甲鱼通常背脊和四肢呈暗绿色，有的背面浅褐色，腹面白里透红。乌龟：背甲较扁平，有三条纵棱。腹甲棕黄色，各盾片有黑褐色大斑块。吻短。头侧及喉部有暗色镶边的黄纹及黄斑，并向后延伸至颈部，雄性成体后全身变黑与雌性有很大的差别。雄草龟随着年龄的增长。身上的颜色越变 越深，大部分雄草龟成年后颈部的斑纹会消失，全身变成墨黑色。这也是草龟被叫做“乌龟“的原因。
生活习性不同。甲鱼：喜洁怕脏，喜阳怕风，喜静怕惊。在自然环境中，甲鱼喜欢栖息于水质清洁的江河、湖泊、水库、池塘等水域。对周围环境中的声响和物体的移动很敏感，一有风吹草动就潜入水底。当水温低于15℃时，甲鱼就潜入池底淤泥开始冬眠，靠喉咙部的鳃状组织等辅助呼吸器官进行呼吸。甲鱼生性凶猛好斗，群体间恃强凌弱现象很普遍，食物缺乏时会残食同类。以水生昆虫、水蚯蚓、蝌蚪、小虾等为食。成鳖摄食田螺类，蛤蜊等软体动物、鱼、虾以及动物尸体，也食蔬菜、水果、杂粮等植物性饲料。乌龟：主要栖息于江河、湖泊、水库、池塘及其它水域。白天多陷居水中 ，夏日炎热时，便成群地寻找荫凉处。性情温和。遇到敌害或受惊吓时，便把头、四肢和尾缩入壳内。是杂食性动物，玉米、小鱼、虾、蜗牛等均吃，其中最喜欢吃的食物是小鱼、小虾。耐饥饿能力强，一个月不食也不致饿死。