像任何其他动物一样,猫眼的颜色是由遗传决定的。不同的基因意味着不同水平的黑色素,黑色素是控制眼睛、皮肤和皮毛色素的主要因素。黑色素来自黑色素细胞,黑色素细胞的数量决定了猫眼的颜色。
猫的黑色素越多,她的皮毛和眼睛就越暗。但是黑色素对毛皮的影响不同于眼睛,这意味着一只深毛色的猫可以有浅色的眼睛,反之亦然。
有异瞳的猫通常是白猫,或者在猫的身体上有一些白色区域。小猫生来就有两只蓝眼睛,在接下来的几周内,黑色素进入虹膜并导致眼睛颜色变为绿色,黄色或棕色。在异瞳猫中,只发生在了一只眼睛上,另一只眼睛没有发生所以仍然是蓝色的。