仓鼠科是哺乳动物的最大一科，现存种类超过600种，化石种类也不少，可以分成几个不同的亚科和族，而这些亚科和族的划分争议比较大。
西方鼠亚科主要分布于中南美洲，少数分布于北美洲，是南美洲仅有的鼠型亚目成员，由于缺少其它啮齿类的竞争，发展成了种类繁多，生活习性非常多样的一个类群，约有350种，超过了仓鼠科的半数。
鼢鼠亚科是适应地下生活的啮齿类，尾短，眼睛很小，视力差，外耳退化，仅是小的皮褶。鼢鼠主要分布于中国，也见于蒙古和西伯利亚，栖息于森林边远、草原和农田，白天居住在地洞中，晚上偶尔会到地面活动，以植物的根、茎、种子为食，在洞穴中储存大量食物。
马岛鼠亚科因分布于马达加斯加岛而得名，是岛上仅有的啮齿类，共有十多种。马岛鼠种类虽然不多，但是非常多样，有树栖也有陆栖，还有跳跃行走的成员，其食性也从植物到昆虫均有。
冠鼠亚科仅包括分布于非洲东北部的冠鼠。冠鼠身上的毛较长，有时会竖起形成冠状，冠鼠尾部的毛也较长，看起来尾巴比别的仓鼠类更粗。冠鼠体型粗壮，颇似豚鼠，体重可达2.5公斤，是鼠型亚目中体型最大的成员。
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